In het kader van natuurontwikkelingen langs de Vlaardingervaart en Boonervliet zijn inventarisaties uitgevoerd naar beschermde muizen, vissen en beschermde nesten van vogels. Voor de muizeninventarisatie zijn vallen uitgezet en zijn deze verrijkt met pindakaas, kattenvoer en andere voorraden. Tijdens de inventarisatie zijn veel muizen gevangen. Ook voor de ontwikkeling van natuurwaarden is een toetsing aan de Flora- en faunawet noodzakelijk.

De kades langs de Noordeindseweg zijn in kritieke toestand en moeten worden versterkt. Bomen die op de kade staan verhinderen reparaties en in sommige gevallen verzwakken ze de kade. In dit kader is een bomeninventarisatie uitgevoerd om vast te stellen of er in de te kappen bomen beschermde nesten of verblijven van vleermuizen zouden zitten. Aangetroffen holten zijn daarbij onderzocht met een boomcamera.

In Amstelveen wordt een woning gebouwd aan de rand van akkerlanden. De akkers vormen een goed heenkomen voor rugstreeppadden. De rugstreeppad zit het liefste in net omgewoelde grond en is daarom vaak op bouwplaatsen in zandhopen te vinden. Daarbij legt het vrouwtje haar eitjes in ondiep water, bijvoorbeeld in een karrenspoor. Gelukkig zijn er ook manieren om te voorkomen dat rugstreeppadden zich vestigen op een bouwplaats. 

De kades rond de Meeslouwerpolder en Groote Westeindsche Polder zijn aan vervanging toe. Op enkele locaties is het kappen van bomen onvermijdelijk en om vast te stellen of de bomen beschermde nesten of verblijfplaatsen van vleermuizen bevatten is een bomeninventarisatie uitgevoerd. Aangetroffen holten zijn met een boomcamera onderzocht. 

In Honselersdijk zijn in 2011 gewone dwergvleermuizen waargenomen in de omgeving van een te slopen pand. Verblijven zijn niet gevonden, maar om de vleermuizen tegemoet te treden zijn vleermuiskasten opgehangen. Zo wordt ervoor gezorgd dat er altijd genoeg slaapplaatsen blijven behouden. Het pand is inmiddels gesloopt en komend jaar wordt gekeken of de vleermuiskasten ook echt bewoond worden.

Voor de ontwikkeling van een Pitch & Putt-baan op een oude vuilstort te Doetinchem zijn de verlopen natuuronderzoeken geactualiseerd. Gegevens uit natuurinventarisaties zijn namelijk maar maximaal 3 tot 5 jaar geldig. Daar komt nog bij dat veel natuur in Nederland zich ontwikkelt op braakliggende of verstoorde terreinen. In 3 jaar tijd kan bijvoorbeeld een oude akker veranderen in een aantrekkelijk paradijs voor beschermde soorten.

In development plans it is sometimes unavoidable that fields remain barren. Whilst those fields may be exposed to invading (protected) species. In Holland new policy is in the making to get exemption for nature legislation if those fields are temporarily be given back to nature as 'temporary nature'.  Aqua-Terra Nova may guide and assist in the development of temporary nature in development plans to assure unwanted delay for nature legislation when the development finally arrives in the stage of construction.

Gemeente Vlaardingen beoogd het natuurgebied op oude loswallen in de Broekpolder om te vormen tot een recreatief en ecologisch hoogwaardig gebied. Hiertoe wordt een deel van het bosgebied gekapt en wordt het gebied vernat. In het kader van de Flora- en faunawet heeft Aqua-Terra Nova een Eco-effectscan, een visseninventarisatie, een wilde planteninventarisatie en een vogelinventarisatie uitgevoerd. Op basis van het onderzoek kan de omvorming van het natuurgebied op ecologisch verantwoorde wijze worden gerealiseerd.

De gemeente Westland ontwikkeld in het herinrichtingsproject Poelzone een ecologische verbindingszone als onderdeel van de Provinciale Ecologische Hoofdstructuur. In samenwerking met gemeente Westland heeft Aqua-Terra Nova een inrichtingsvisie opgesteld over een deel van de ecologische verbinding, te weten de Poelzone Noord. In het onderzoek zijn de natuurwaarden, -kansen en -doelen van de Poelzone Noord bepaald. Om de beoogde natuurdoelen te behalen, is bepaald aan welke voorwaarden, de zogeheten randvoorwaarden, minimaal voldaan dient te worden. Hieruit blijkt dat Poelzone Noord een belangrijke rol kan spelen als leefgebied voor doelsoorten, mits voldoende verblijf- en rustplaatsen worden gerealiseerd en de negatieve effecten van de beoogde koppeling van recreatie en natuur tot een werkbaar minimum worden beperkt. Momenteel wordt onderzocht wat de mogelijkheden zijn voor de koppeling van aangrenzende ecologische verbindingszones. 

Het Hoogheemraadschap van Delfland is voornemens in de Vlaardingse Vlietlanden en de Broekpolder vispaaiplaatsen en natuurvriendelijke oevers te realiseren. Aqua-Terra Nova heeft in opdracht van het Hoogheemraadschap van Delfland een verkennend onderzoek, de Eco-effectscan, uitgevoerd om te onderzoeken of de werkzaamheden in strijd zijn met de Flora- en faunawet. Daarnaast is beoordeeld of het project effect heeft op de wezenlijke waarden en kenmerken van dit kerngebied van de Ecologische Hoofdstructuur. Op basis van het onderzoek kunnen de vispaaiplaats en de natuurvriendelijke oevers ecologisch verantwoorde wijze worden gerealiseerd.